c:\ソースフォルダにある、abc.java をコンパイルするとします。
コマンドプロンプトで以下それぞれのコマンドを都度組み合わせて実行します。
☆ class ファイルの生成先（パッケージのルートディレクトリ）を c:\class\ に指定する場合
javac -d "c:\class\" "c:\ソース\abc.java"
（ -d スイッチを入れると生成先を指定できます。）
☆ コンパイラの探すクラスファイルのパスを一時的に指定する場合。（環境変数で指定してある場合不要）
ユーザクラスファイルのルートを c:\class\ とします。
javac -cp "c:\class\" "c:\ソース\abc.java"
（ -cp は -classpath の略です。ユーザクラスファイルのルートを指定できます。
-cp は実行コマンド java でも指定可能：
java -cp "c:\class\" 実行クラスファイル。）
☆ 文字コードを明示的に指定してコンパイルする場合
javac -encoding "UTF-8" "c:\ソース\abc.java"
（java はユニコードで動きますが、通常は windowsであれば SJIS のまま java ファイルをコンパイルして問題ありません。
ただ、環境によってはそのままコンパイルすると文字コードのエラーとなる場合があるので、
そういった場合には明示的に文字コードを指定して無理矢理コンパイルします。）
☆ アサーションなどプラットフォーム 1.4 の機能を使う場合
javac -source 1.4 "c:\ソース\abc.java"
（アサーションを有効にしてプログラムを実行する（ = デバッグ時）には
java -ea:有効にしたいクラスファイル 実行クラスファイル
と、実行時に -ea スイッチを指定する必要があります。無効にする（ = 本番）には
java -da:無効にしたいクラスファイル 実行クラスファイルで実行。）