c:\チェック用フォルダにある、aaa.txt と bbb.txt を比較するとします。
（単純なテキストファイルでの比較を推奨します。）
コマンドプロンプトで以下それぞれのコマンドを実行します。
☆ コマンドプロンプトに、相違点を行番号付きで表示する場合。
fc /n "c:\チェック用フォルダ\aaa.txt" "c:\チェック用フォルダ\bbb.txt"
（ /n スイッチを入れると結果にファイルの行番号を表示します。）
☆ 新たに ccc.txt を作成しそこに相違点を出力する場合。
fc "c:\チェック用フォルダ\aaa.txt" "c:\チェック用フォルダ\bbb.txt" > "c:\チェック用フォルダ\ccc.txt"
（ > を使うと出力先を指定ファイルに変更できます。既に指定ファイルが存在する場合上書きされます。）